L'analyse et le suivi de la qualité des eaux des rivières du bassin font partie des missions du Syndicat mixte. Les résultats permettent de connaître l’évolution de la qualité des eaux et de cibler les sources de pollutions chroniques ou accidentelle. Ils permettent également de mesurer l’impact des différents efforts entrepris pour éviter ou réduire la dégradation de la qualité de l’eau de nos rivières.